Μέσα από τη Γενική Συνέλευση εκλέγεται το Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο αποτελεί το βασικό όργανο διοικητικής ευθύνης και συντονισμού της λειτουργίας του ΚοιΣΠΕ.

Σύμφωνα με το θεσμικό πλαίσιο που περιγράφεται για τους ΚοιΣΠΕ, το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελείται από επτά μέλη, εκ των οποίων δύο προέρχονται από την πρώτη κατηγορία μελών και πέντε από τη δεύτερη και τρίτη κατηγορία.

Η συγκεκριμένη πρόβλεψη αποτυπώνει την ανάγκη ισορροπίας ανάμεσα στην άμεση εκπροσώπηση των ατόμων που έχουν ανάγκη αποκατάστασης και στη διοικητική και επιστημονική υποστήριξη που προσφέρουν οι υπόλοιπες κατηγορίες μελών.

Την 30η Μαρτίου 2026 πραγματοποιήθηκε η Εκλογοαπολογιστική Γενική Συνέλευση του ΚοιΣΠΕ Ναυτίλος. Μετά την εκλογή των νέων μελών στα όργανα διοίκησης ακολούθησε η Συγκρότηση σε Σώμα των μελών του Διοικητικού Συμβουλίου

Το Ε.Σ. εκλέγεται από την Τακτική Εκλογοαπολογιστική Γενική Συνέλευση και αποτελείται από 3 μέλη.

Το Ε.Σ. ελέγχει τις πράξεις του Δ.Σ. καθώς και την τήρηση των αποφάσεων της Γ.Σ. από το Δ.Σ.

Το Ε.Σ. έχει δικαίωμα και καθήκον να λαμβάνει γνώση οποιουδήποτε βιβλίου, εγγράφου ή στοιχείων των συνεταιρισμών, να διενεργεί λογιστικό και διαχειριστικό έλεγχο και να παρακολουθεί την πορεία των υποθέσεων του συνεταιρισμού.